俄罗斯科研组织结构分为三个层次。第一级为最高决策机构，包括总统（总统科技政策委员会）、联邦议会；第二级为联邦政府的科学技术管理机构，包括联邦科技部、经济部、财政部和政府科技政策委员会等；第三级为科研机构，包括科学院、部委研究机构、高等院校和企业研究机构等4个系统。

总统科技政策委员会成立于1995年3月2日，由总统亲自担任委员会主席，政府总理担任副主席。委员会由28人组成。该委员会负责向总统通报国内外科技进展情况，提出有关俄罗斯科技政策和优先发展领域的战略性建议。

联邦政府科技政策委员会成立于1995年2月，由政府总理担任主席。其主要任务是保障国家科学和高技术领域技术政策的统一，为科技发展创造良好条件；促进科技成果的转化，探索科技与市场经济相适应的改革道路；保护和开发国家的科学技术潜力。

联邦科技研究归口管理机构是联邦教育与科学部。其主要任务是按照法定程序提出联邦预算中“基础研究和促进科技进步”的预算草案，以及执行对国家科技优先发展领域中有关计划项目的拨款，负责国家对科技领域预算拨款的管理。