俄罗斯科研机构可划分为以下四大系统：俄罗斯科学院系统、专业部门研究系统、高等院校研究系统和企业系统。

1.俄罗斯联邦科学院

俄罗斯科学院是俄罗斯最高学术机构，主要从事自然、技术和人文等重要学科的基础研究，同时兼顾应用研究和开发，参与、组织和协调由联邦政府财政拨款的其他科研机构和高校承担的基础科研工作。

俄罗斯科学院迄今已有260多年的历史，拥有430多个研究所，12万名工作人员，其中有7000名博士，2.5万名副博士。

俄罗斯科学院的最高机构是院士大会。科学院主席团、分院主席团和学部主席团之下，设有200多个自然科学和社会科学的学术委员会。

俄罗斯科学院下设若干学部，分别是：数学学部，普通物理学和天文学学部，核物理学学部，力学与自动控制过程学部，信息、计算技术和自动化学部，普通化学和技术化学学部，物理化学与无机材料工艺学学部，生物化学、生物物理学与生理活性化合物化学学部，生理学学部，普通生物学学部，地质学、地球物理学和地质化学学部，海洋学、地理学和大气物理学学部，历史学学部，哲学和法学学部，心理学学部，经济学学部，文学和语言学部，等等。

2.联邦部委的研究机构

联邦政府的部分部委也设有部门科学院，如俄罗斯农业科学院、俄罗斯医学科学院、俄罗斯教育科学院、俄罗斯建筑和设计科学院、俄罗斯艺术科学院，等等，由政府有关的部委实施领导和管理。

俄罗斯农业科学院始建于1929年，基本任务是开展农作物生物学、农耕和畜牧、农业生产机械化、电气化和化学化等方面的理论研究，促进农业生产企业利用科研成果和先进经验，用科学方法指导协调全国各地农业研究所、实验站的活动。

俄罗斯医学科学院建于1944年，主要从事医疗卫生方面的基础科学研究，培养医学和生物科学领域的高级人才。

俄罗斯教育科学院建于1934年，其宗旨是促进公民教育的发展，传播教育知识，研究公共教育、教育心理学、专业教育、学龄前教育、学校卫生、中学教育方法问题，采用最新科学技术成果，制定教育科学领域的研究发展计划，为教育事业培养人才。

3.高校科研

俄罗斯高等院校普遍设立教学科研机构或与生产企业共同组建教学科研生产联合体。其科研人员既从事科研又从事教学，也有一部分专职科研人员，其中具有博士和副博士学位的比重达50%左右。

4.企业科研

在苏联时期，企业科研一直是薄弱环节，绝大多数企业的科研单位规模很小，科研和开发能力较弱。苏联解体后，由于俄罗斯长期经济危机，大多数企业陷入困境，这一科研系统尚不能发挥更多作用。目前，企业科研正处于改组之中。