2005年，马其顿一方面继续落实奥赫里德协议，另一方面为成为欧盟候选国进行认真的准备。春季马其顿举行地方选举，选举全国85个市的市长和市议员。这次选举被视为是对2001年签署的给予阿尔巴尼亚族平等权利的奥赫里德协议的最终落实，也是对马其顿欧洲一体化努力的考验。选举结果表明，马其顿联合政府中的三个执政党获得了多数市长职位，其中由社会民主联盟和自由民主党组成的“为马其顿而团结在一起”联盟候选人获得36个，阿尔巴尼亚族的一体化民主联盟有15人当选。最大的反对党马其顿内部革命组织-争取马其顿民族统一民主党候选人在21个市当选市长。独立候选人科斯托夫斯基在首都斯科普里市举行的第二轮投票中获得近80%的选票，战胜了“为马其顿而团结在一起”执政联盟候选人、现任市长里斯托·佩诺夫。在第一和第二轮选举中都出现了程度不同的违规行为，欧安组织、欧盟和美国对此提出了批评。2004年春季开始的边防管理体制改革于2005年8月底完成，边境的控制权由军队移交给警察。马其顿议会11月通过了宪法修正案，国家元首不能直接任命司法委员会成员，但可以向议会提名。公共检察官由政府提名，议会批准。宪法的修正为进一步的司法改革创造了条件。马其顿政府继续推动分权改革，开始将489个机构、2.7万雇员、40万平方米的办公区和250万平方米的土地从中央移交给地方。分权改革涉及到医疗、教育、社会保障、文化部门、公用事业、财政等领域。为成为欧盟候选国，马其顿政府认真回答了有3000多个问题的欧盟问卷。

2004年马其顿经济增长4.1%。2005年上半年经济增长3.7%，工业增长9.3%。2005年1～11月进出口额48亿美元，同比增长了17.4%，其中：出口18.6亿美元，进口29亿美元；逆差10.06亿美元，减少3.2%。经济增长效率低、高失业、高逆差和贫困是马其顿主要的经济问题。

12月17日，欧盟布鲁塞尔首脑会议决定给予马其顿欧盟候选国地位，这是对马其顿政治、经济改革成果的承认，马其顿向成为欧盟成员国的方向迈出了重要一步。马其顿在东南欧地区的国际舞台上颇为活跃，主办了东南欧地区合作论坛、东南欧反腐败机构大会、东南欧外国投资论坛等国际会议。关于马其顿与希腊围绕马其顿国名的争议，马其顿提出双重解决方案，即在国际组织中使用其宪法规定的国名，在与希腊进行双边交往时使用“马其顿共和国-斯科普里”。联合国试图进行调解，但未达成协议。