政局动荡在巴拉圭历史上由来已久，“还政于民”后也未能实现长治久安。1989年初，巴拉圭总统斯特罗斯纳勒令第二号人物安德烈斯·罗德里格斯将军退役，剥夺了他在军队的实权。同年2月2日，罗德里格斯将军发动政变，推翻了斯特罗斯纳政府，巴拉圭35年之久的“斯特罗斯纳时代”宣告结束。

1989年2月3日，罗德里格斯将军就任巴拉圭临时总统，成立了由8名文人、3名军人组成的新政府。新政府宣布废除禁止公民亲友聚会的1号法令，在3个月内举行大选，所有党派（巴拉圭共产党除外）都可以参加总统和立法机构的选举。罗德里格斯宣布自己将作为红党候选人参加总统选举，如果当选，他将在1993年还政于民，并许诺进行宪法改革。新政府希望加入阿根廷、巴西和乌拉圭的一体化进程，以便结束斯特罗斯纳时期国家的孤立状态。1991年3月，巴拉圭、乌拉圭、阿根廷、巴西的总统和外长在亚松森签订条约，建立南方共同市场。美国不仅立即承认巴拉圭新政府，而且还表示将帮助它实现向民主的过渡。

1989年5月1日，巴拉圭举行斯特罗斯纳垮台后的第一次全国自由选举，罗德里格斯当选总统。新总统表示将立即着手修改宪法和选举法、肃清政府中的腐败现象，废除斯特罗斯纳的镇压措施。1991年，巴拉圭又举行了第一次市政选举，红党控制了全国大部分城市，但亚松森市的市长职位被反对派人士夺得。1991年11月，国民大会通过罗德里格斯总统和军队联手起草的一项法律，保证军队的自治和应政府首脑要求维持国内秩序的权利。同年12月，巴拉圭再次举行选举，选出了组成制宪会议的198名议员，开始着手制定新宪法。经过总统和制宪会议的多次斗争和妥协，1992年6月，制宪会议在总统和许多高级军官缺席的情况下颁布新宪法。新宪法规定，巴拉圭是代议制民主制国家，总统和副总统由普选产生，简单多数即可当选，任期5年，不得连任。总统是武装部队的总司令，禁止军人干预政治。新宪法实际上废除了1991年规定的军队干预政治的权利。宪法规定国民议会由参议院和众议院组成，分别有议员45人和80人，都由普选产生。国家设司法委员会，由8人组成。最高法院由9名大法官组成，大法官人选由司法委员会提名、经政府同意，最后由参议院任命。

1993年5月，巴拉圭根据新宪法举行了第一次全国大选，红党候选人胡安·卡洛斯·瓦斯莫西获得了39.91%的选票，当选总统。由于红党在参议院和众议院都没有占据多数席位，两院的议长和副议长都由反对党议员担任。同年8月，瓦斯莫西在加强执政党内部团结的同时，致力于与反对派的对话。10月，红党与真正激进自由党、二月革命党和基督教民主党等反对党达成了联合执政的协议。瓦斯莫西政府注意健全法制，限制军人干政，开展反腐败斗争，对外实行开放政策，加强同邻国和西方的关系。1996年4月，陆军司令奥维多因为拒绝退役而企图发动政变，巴拉圭政局出现动荡。经过多方调解，奥维多最终同意交出兵权并退役，形势得到暂时的缓和。11月，巴拉圭举行第二次市政选举，红党获得了49%的选票，真正激进自由党得票率为36%，仍然是最大的反对党。

1997年，奥维多和拉伊诺分别当选为执政党红党和反对党联盟候选人，准备参加1998年的大选。但由于奥维多曾涉嫌发动未遂政变，候选人资格问题在红党内部发生了激烈斗争，尤其是瓦斯莫西总统和奥维多之间的政治对立使巴拉圭政局再起波澜。10月，奥维多因为受到军事法庭审判而丧失了总统候选人资格。奥维多的好友库瓦斯被推举为红党候选人，并在1998年5月的大选中当选总统。他上台后宣布要团结党内反对派和反对党致力于发展经济，共同建设一个新的巴拉圭，并要求内阁成员遵纪守法，树立政府新形象，取信于民。然而，由于库瓦斯执政后立即签发了释放奥维多的总统令，引起了执政党内部反对派和反对党的强烈反对和抨击。12月，最高法院以违宪为由判决总统令无效。但库瓦斯总统拒不收回总统令。因此，库瓦斯总统与奥维多将军、执政党内部反对派以及反对党的矛盾不断加剧。1999年3月23日，副总统阿加纳遇刺，传为奥维多在幕后指使。3月28日，库瓦斯总统被迫宣布辞职，奥维多也流亡国外，参议长、红党的路易斯·冈萨雷斯·马基接任总统，2000年8月，自由党人胡利奥·塞萨·弗兰科当选副总统，从而结束了长期以来红党一党执政的历史