最近几年，立陶宛因党派之争、腐败丑闻、执政联盟内讧以及其他一些因素而不时出现政治摩擦，从而使多位总统和总理辞职。2006年，立陶宛又出现了一次政府更迭。4月中旬，新联盟为抗议该党的保劳斯卡斯被解除议长职务而宣布退出联合政府，召回了在政府中任职的两名部长。5月30日，阿达姆库斯总统对来自劳动党的两名涉嫌腐败的部长表示不信任，劳动党于5月31日宣布召回自己在政府中的五名部长并退出执政联盟。

根据立陶宛宪法，如果超过一半的政府成员被更换，重新组建政府需要议会授权，否则政府应当辞职。布拉藻斯卡斯6月1日向总统递交辞呈并获批准。阿达姆库斯总统6月15日向议会提名社会民主党人、代总理巴尔齐蒂斯为新一届政府总理候选人，遭到议会拒绝。7月4日，议会以85票赞成、13票反对、5票弃权通过了总统提名的立陶宛第14届政府总理候选人、社会民主党人基尔基拉斯的任命，持续了一个多月的政治危机终于结束。

2006年，立陶宛的国内生产总值预计增长6.8%，通货膨胀率继续保持在较低的水平，为3.6%。与2005年相比，2006年的经常项目逆差相当于国内生产总值的比重为7.59%。立陶宛在加入欧盟后面临着良好的发展机会，国内需求成为拉动增长的主要因素，但进口需求旺盛有可能会造成经常账户赤字的增加。

2006年4月13日，立陶宛议会通过了与加入欧元区有关的宪法修正案。5月，欧洲委员会宣布，由于立陶宛通货膨胀率未能达到《马斯特里赫特条约》规定的指标，且可能继续上升，尚未做好加入欧元区的准备，因此不推荐立陶宛于2007年1月1日加入欧元区。5月22日立陶宛总理布拉藻斯卡斯表示，立陶宛不会早于2009年加入欧元区，但应于2009年前准备好实行欧元的计划。立陶宛能否于2009年加入欧元区取决于立陶宛能否将通货膨胀控制在《马斯特里赫特条约》的规定范围内。

加入北约和欧盟后，立陶宛重视与两大组织的协调一致，致力于北约和欧盟的进一步扩大。入盟使立陶宛与西方国家的关系更加密切，也提升了其与俄罗斯讨价还价的能力。

多年来，立陶宛与俄罗斯关系一直面临着多方面的问题。2006年，两国又因“间谍案”而争执不休。10月8日，立陶宛驱逐一名涉嫌从事间谍活动的俄罗斯高级外交官，并限令他在两周内离开维尔纽斯。立陶宛政府指责这名俄罗斯外交官从事间谍活动，并且试图向立陶宛当局施加影响，改变其在俄罗斯和格鲁吉亚冲突中支持格方的立场。作为报复，10月24日，俄罗斯联邦安全局也宣布破获一起为立陶宛服务的间谍案。

近年来，立陶宛与中国的关系稳步发展。2006年9月，阿达姆库斯总统应邀问华，在两国首脑会谈时胡锦涛指出，中国重视发展同立陶宛的关系，愿与立陶宛加强在双边和国际事务中的合作，促使两国互信、互利、友好合作关系迈上新的台阶。阿达姆库斯对两国关系的发展势头表示满意。他感谢中国在联合国等国际组织中给予立陶宛的支持，并强调立方重视发展对华关系，希望加强双方在经贸、文化、科技、环保和人文等领域的交流与合作。10月，全国政协主席贾庆林访问立陶宛，并与立陶宛领导人就加强双边关系和共同关心的问题深入交换意见并达成了广泛共识。双方都表示将继续本着相互尊重、平等互利的原则，努力把两国关系提升到新水平。