2006年8月28日，爱沙尼亚议会举行总统选举。在第一轮选举中，副议长埃尔格马获得65张选票，没有达到法定票数。次日上午进行第二轮选举，现任欧洲议会议员伊尔韦斯也未能获得法定当选票数。当天下午，议会举行第三轮总统选举投票，伊尔韦斯仍未能获得胜选所需票数。爱沙尼亚议长随后宣布将于9月再次举行总统选举。9月23日，爱沙尼亚举行第二阶段总统选举，伊尔韦斯以174比162票的微弱优势击败现任总统吕特尔，当选为爱沙尼亚新一届总统。

这一次大选再次说明，在基本完成政治转轨后，爱沙尼亚的民主化体制基本确立，政治局势的稳定性越来越强，政府的更迭对政策连贯性的影响不大。

在经济领域，近年来，爱沙尼亚的GDP能保持较高的增长率。据国际货币基金组织预测，2006年，爱沙尼亚的GDP增长率约为9.5%（2005年为9.8%）。爱沙尼亚经济之所以能取得较高的增长率，与入盟后进入该国的外资增加和国内需求扩大有关。2002年以来，美元的疲软以及欧元的相对坚挺使通货膨胀率一直保持在较低的水平。2006年，爱沙尼亚通货膨胀率估计为4.6%。

2006年1～10月，爱沙尼亚财政收入为555亿克朗（约合35.5亿欧元），占全年计划的90.3%，同比增长23.7%；财政支出489亿克朗（约合31.2亿欧元），占全年计划的76.7%，同比增长近20%。经常项目逆差在扩大，相当于GDP的12.0%。这一问题已引起政府的注意。

独立以来，爱沙尼亚政府始终重视外资在经济发展进程中的作用，并在改善法律体系和税收体系等方面制定了相应的法律法规，以吸引更多的外资。加入欧盟后，爱沙尼亚的投资环境得到了很大改善。2005年，在世界银行商业环境调查中，爱沙尼亚名列第16位。2006年爱沙尼亚在经济自由指数排行榜上名列第7位；在世界经济论坛2005～2006年经济竞争力指数排行榜中爱沙尼亚名列第20位，是欧盟新成员国中最具竞争力的国家；在2005年清廉国际腐败认知指数排行榜中爱沙尼亚名列第27位，是欧盟新成员国中腐败问题较轻的国家。

爱沙尼亚积极奉行对外开放政策。“加盟入约”后，爱沙尼亚以更加积极的姿态参与欧盟各项事务，与欧盟成员国的政治、经济、军事、文化关系更加密切。

入盟后，爱沙尼亚参与欧盟对俄政策的制定和实施，因此爱沙尼亚与俄罗斯的关系主要是在欧盟对俄关系的框架下发展的。俄罗斯族人的地位问题是爱沙尼亚与俄罗斯关系中的敏感问题。爱沙尼亚28%的人口为俄罗斯族人，迄今为止，只有1/4的俄罗斯族人成为爱沙尼亚公民。俄罗斯族人如何融入爱沙尼亚社会，仍是爱沙尼亚的一个难题。

2006年，中国与爱沙尼亚的关系继续稳步发展，双方高层互访不断。2006年10月，中国全国政协主席贾庆林对爱沙尼亚进行为期三天的正式友好访问。访问期间，贾庆林同爱沙尼亚政府和议会领导人就双边关系和共同关心的问题深入交换了看法。双方都表示，愿意继续本着相互尊重、平等相待的原则共同努力，加强高层交往，拓展和深化经贸、科技、交通等各个领域的互利合作，推动两国关系长期稳定全面向前发展。

中国与爱沙尼亚的经贸合作呈现快速发展的势头，贸易额持续攀升，2006年前8个月，两国贸易额已突破4.44亿美元，同比增长112%。爱沙尼亚已成为中国在波罗的海三国中的最大贸易伙伴。在文化、教育、旅游等领域的交流与合作也取得了新的进展。