2006年马其顿举行了独立后的第五届议会选举。竞选初期，执政和在野的两个阿尔巴尼亚族政党——一体化民主联盟和阿尔巴尼亚人民主党发生了激烈冲突，后经欧盟和北约代表的调停，竞选活动才得以平稳进行。7月5日的投票存在一些违规现象，但总体进行得比较顺利。最终，反对党“马其顿内部革命组织-争取马其顿民族统一民主党”领导的联盟以32.5%的得票率击败执政党马其顿社会民主联盟（得票率23.3%），成为议会第一大党。因其只获得议会120个席位中的45席，必须与其他政党联合形成议会多数才能组阁政府。8月26日，议会批准了新总理尼古拉·格鲁埃夫斯基提交的政府组阁名单。进入内阁的政党有阿尔巴尼亚人民主党、新社会民主党和其他几个小党。由于获得多数阿尔巴尼亚族人支持的一体化民主联盟被排斥在新政府以外，该党不断发出抗议，并明确表示不承认新政府。欧盟从中积极调解，力促双方领导人进行对话，协商解决矛盾。

新政府的优先目标是改善人民生活水平、增加就业、加大打击腐败力度、发展民主、维护民族团结、保持政治稳定及加入欧盟和北约。政府还制定了经济年增长6%～8%的目标。为此，政府将大力进行体制改革，提高国内企业的竞争力，增加信息技术和教育投资，为外资进入创造新环境，努力使政务公开透明，改善公共基础设施，加大税收和关税的改革力度，削减银行利率，恢复抵押贷款等。

2006年马其顿的工业发展表现较差，但由于银行信贷不断增长，交通和零售业发展壮大，预计全年GDP仍能保持4%的增幅。油、食品和烟草价格增长使2006年前9个月的消费者价格指数上涨了3.3%。预计2006年经常项目逆差将占GDP的2.8%。根据马其顿统计局统计，截止到7月份，马其顿对外贸易额为33亿美元，贸易逆差7.85亿美元，同比增长21%。1～7个月马其顿吸引外资3.14亿美元，这主要源自国家电力公司的私有化收入。为了吸引更多的外资，世界银行将给马其顿政府提供资金支持，帮助其实现更具专业化、更多预算支持的外资署的重组。此外，政府还将加大对外宣传的力度，同时决定从2007年起实施单一税率制度，把所得税和公司税统一为12%，以低税率吸引外资。

加入欧盟和北约是新政府的头等大事。2006年欧盟内部在进一步扩大问题上分歧较大，对于马其顿等正在争取入盟的西巴尔干国家，欧盟承诺将最终给予它们正式成员国地位。欧盟将在巩固自身的同时逐步进行扩大，在扩大问题上不会设定新的条件。马其顿希望确定入盟谈判的开始日期，但此前新政府必须完成一系列改革，其中包括治安警务法和国防体系的改革。目前马其顿在执行《稳定与联系协定》方面已经取得了进展，但并未达到协定所规定的全部要求（电信自由化和知识产权保护除外）。2月，政府为实施修订后的欧洲伙伴关系协定提出了一个行动计划。7月，欧盟委员会向理事会提交了一个与马其顿进行简化签证和签署“重新接纳协议”谈判的动议，此举将使马其顿公民更加方便快捷地获得申根签证。8月，马其顿正式加入了中欧自由贸易协定，这对马其顿最终加入欧盟将产生积极影响。2006年欧盟委员会给予马其顿的财政支持约为4360万欧元。马其顿期望于北约下一轮扩大时加入该组织。

由于有2000多公顷土地目前被科索沃占据着，马其顿特别关注科索沃的发展。政府表示支持有关科索沃问题的一切解决方案，但条件是不能损害马其顿的利益。并强调应该在科索沃最终地位确定之前解决双方边界问题。