2006年波黑首次独立组织了全国大选。10月1日，包括56个政党和政党联盟代表以及独立候选人在内的7245名候选人角逐波黑主席团3名成员和波黑议会代表院42名议员名额。同时，塞族共和国还将选出本共和国的总统、两名副总统和人民议会83名议员，波黑联邦将选出议会代表院98名议员和10个州议会的议员。来自各国和各国际组织的500余名观察员对大选进行了监督。10月18日公布大选结果，波什尼亚克族的哈里斯·西拉伊季奇、塞尔维亚族的内博伊沙·拉德马诺维奇和克罗地亚族的泽利科·科姆希奇胜出，就任新一届波黑主席团成员。3人将轮流担任轮值主席，轮值期为 8个月。拉德马诺维奇率先出任轮值主席。他在就职典礼上强调波黑人民必须消除分歧，实现和解，并立刻着手恢复经济，朝着加入欧盟和北约的方向发展。大选后，波黑各政党将进行结盟谈判以组成波黑中央政府以及两个政治实体（共和国）的政府。2006年1月31日，德国资深外交官克里斯琴·施瓦茨-席林出任国际社会驻波黑第五任高级代表，试图以非干预的方式治理波黑。但是，2006年度美国和欧盟在波黑确定的目标，如宪政改革、建立统一的警察部队和与前南斯拉夫国际刑事法庭的充分合作等，都未实现。

波黑2006年1月初正式开始在全国统一征收增值税，增值税率为17%，这标志着一个与欧盟相一致的税制的建立，为波黑未来融入欧洲一体化创造了条件。6月波黑政府开始着手开发、勘探和开采境内两个前南斯拉夫时期已探明的储量较大的优质油田。7月初三大波黑通信运营商——“塞族电信”、“波黑电信”和“莫斯塔尔克罗地亚电信”开始进行私有化进程。其目的是吸引外资，引进先进通讯技术，并通过私有化获得的资金用于建设高速公路、基础设施以及设立经济发展基金。

国际货币基金组织预计波黑2006年的经济增长率为5.5%。虽然面临较高的石油价格和增值税的影响，在货币当局的操控下波黑的通货膨胀率仍将保持在较低水平。根据波黑中央银行的资料，上半年波黑吸引外国直接投资1.80亿欧元，同比下降8.4%。由于贸易逆差缩减，上半年经常项目赤字同比下降38.4%，为4.23亿欧元。

在加入欧盟方面，2006年1月25日波黑与欧盟就签署《稳定与联系协议》举行首轮谈判。2月，欧盟委员会主席巴罗佐访问波黑。他肯定了波黑有关各方在包括宪法改革在内的各项改革方面所做出的努力，并表示如果波黑改革取得实质性进展以及与海牙前南问题国际刑事法庭进行全面合作，欧盟与波黑有望在年底结束关于《稳定与联系协议》的谈判。波黑的国际治理机制尚在演化中，预计2007年国际社会驻波黑国际代表署将结束使命，欧盟将引导波黑成为正常国家。