京津冀协同创新与协同发展已进入全面推进的新阶段，迫切需要通过制度创新开辟道路。本文提出，制约区域协同发展的体制障碍主要是：“分灶吃饭”的财政体制导致区域协同发展缺乏利益纽带；忽视差异性、不考虑功能定位的政绩考核制度导致无序竞争；“强政府、弱市场”运行环境及社会组织发展不足等导致区域协同发展缺乏活力与动力；区域协调机制不健全、区域本身的特殊性导致区域协同发展存在天生的弱质性。针对上述主要问题，本文提出在体制创新方面，应尽快建立横向协商与纵向协调相结合的组织框架，建立“决策层-执行层-咨询层”的管理体制；积极发展区域内社会服务组织。在配套制度创新方面，提出要重点创新政绩考核制度；创新财政税收制度；创新投融资体制；创新社会保障制度；创新对问题区域的援助政策；完善区域法律制度。在机制创新方面，提出要完善京津冀区域协同创新合作机制；构建区域优质资源共享机制；创新区域生态补偿机制；完善教育、医疗、就业等公共服务共享机制；完善区域要素自由流动的市场机制。